تالاب انزلی شامل طیف وسیعی از پرندگان جوجه آور، عبوری و زمستان گذران می باشد. در خلال سال 2012، در حدود 186 گونه مختلف از پرندگان در تالاب انزلی ثبت شده اند. برای نمونه می توان به قلمرو وسیع جوجه آوری پرستوی دریایی تیره، و قلمرو 6 نوع حواصیل، جمعیت باکلان های کوچک بومی و طاووسک ابلق اشاره کرد. اخیراً چند نمونه عقاب دم سفید بر روی درختان اطراف تالاب انزلی جوجه آوری کرده اند. همچنین تالاب انزلی دارای جمعیت بالایی از پرندگان زمستان گذران، به طور متوسط بالغ بر 80000 پرنده، شامل مرغابیها، قوها و چنگرها می باشد. تعداد پلیکانهای خاکستری زمستان گذران در تالاب انزلی رو به افزایش است و در سال 2009 بیش از 1200 قطعه پلیکان خاکستری در این تالاب سرشماری شده است.